Batı Cephesi Komutanlığı oluşturulması ve tüm Kuvayimilliye birliklerinin orduya bağlanması üzerine Çerkez Ethem uyumsuzluk göstermeye başlamıştır.Çerkez Ethem ,İsmet İnönü komutasında ki orduya katılmak istememiştir.Mustafa Kemal kararından vazgeçmesi için çok uğraşmıştır fakat Çerkez Ethem kararından dönmemiştir.Bunun üzerine Mustafa Kemal ,cephe komutanlarına Çerkez Ethem ve kardeşlerine karşı muhabereye girmeyi emretmiştir.Bunların üzerine Çerkez Ethem Kütahya dan çekilip Yunanistan safına geçmiştir. İsmet İnönü komutasında ki birlikler Çerkez Ethem,Reşit Bey ve kardeşi Tevfik Bey hariç diğerlerini esir almışlardır. Bu sayede Çerkez Ethem Ayaklanması sona ermiştir.