Boşaltım sisteminin vücut dengesinin (homeostasi) sağlanmasında çok önemli bir yeri vardır. İç üretra deliği ve dış üretra deliği'nden oluşur.
Böbrekler, üreterler ve idrar kesesinden oluşan boşaltım sistemi, yapım-yıkım sırasında ortaya çıkan atık maddelerin atılımından sorumludur. Vücut işlevlerinin sürekliliği için hücrelerden atık maddelerin atılması gerekir. Katı ve sıvı atıklar, kan içinde erimiş olarak taşınırlar ve böbreğe ulaştırılarak süzülürler. Bu atıklar üreterler yoluyla idrar kesesine geçerek, belli aralıklarla idrar olarak depolanıp, değişik aralıklarla vücuttan atılırlar.
Böbrekler
Ana madde: Böbrek
Böbrekler, omurgalılarda bulunan fasulye biçiminde 2 tane boşaltım organıdır. 10 cm kadar olabilen böbrekler, boşaltım sisteminin bir bölümünü oluştururlar. Bu organlar, başta üre olmak üzere atıkları kandan süzer ve onları artmış su ile birlikte idrar olarak boşaltırlar. Böbrekleri ve böbreklere etki eden hastalıkları inceleyen tıbbi dal nefrolojidir. Nefroloji, adını Yunanca "böbrek" anlamına gelen nephros sözcüğünden alır. Böbrek(ler) ile ilgili anlamında kullanılan renal sözcüğü ise Latince renalis sözcüğünden gelir. Kanımızda atık maddelerin yanı sıra karbonhidratların yağların ve proteinlerin sindirilmesi sonucu oluşan küçük moleküller,vitaminler ve su gibi yararlı maddelerde bulunur.
Böbreklerin içindeki süzme birimlerine nefron denir. Her bir nefron; malpighi cisimciği, proksimal tüp, Henle kulpu ve distal tüp adı verilen kanalcıklardan oluşur. Ortalama bir insan böbreğinde 1 ila 2 milyon arasında nefron bulunur. Bu nefronlarda süzülme, geri emilim ve salgılama işlemleri gerçekleşir. Böbreklerin içinde bir de havuzcuk bulunur.
Üreterler
Ana madde: Üreter
Üreterler, böbrek ile idrar torbası arasında bulunurlar. 25–30 cm uzunluğunda, 4–7 mm çapında, kas liflerinden oluşmuş boru şeklinde yapılardır. Böbreklerde oluşan idrar bu ince borucuklar vasıtasıyla idrar kesesine ulaşır. Üreter pars abdominalis ve pars pelvica olmak üzere iki kısımda incelenir. Üreterin üç yerde darlığı vardır. Birinci darlık başlangıç yerinde, ikinci darlık linea terminalis’i çaprazladığı yerde, üçüncü darlık da idrar kesesine girdiği yerdedir (en dar yeri burasıdır). Diğer adı idrar borusudur.
İdrar Kesesi
Ana madde: İdrar kesesi
İdrar kesesi yoğun kas liflerinden oluşmuş, idrarın depolandığı, genişleme özelliği bulunan torba biçiminde bir yapıdır. İdrar torbası dolduğunda kesenin duvarını oluşturan kas lifleri gerilerek idrara çıkma hissi uyandırır ve duvarındaki kasların kasılması ile idrar kesesi boşalır. Kadınlarda pelvis boşluğunun tabanında, erkeklerde rektumun önünde ve prostatın üzerindedir.
Üretra
Ana madde: Üretra
İdrarın idrar torbasından alınarak, vücut dışına atıldığı son yerdir. Diğer adı idrar kanalıdır. Prostatik üretra, membranöz üretra, süngerimsi üretra'dan oluşur.
Boşaltıma yardımcı organlar
Akciğerler
Ana madde: Akciğer
Akciğerler soluk alarak vücuda oksijen dağıtır. Sonra kullanılmış oksijen (karbondioksit) vücuttan dışarı atılır.
Kalın Bağırsak
Ana madde: Kalın bağırsak
Sindirim atığı olan posayı anüs yoluyla vücuttan dışarı atar.
Deri
Ana madde: Deri
Vücutta bulunan fazla su ve tuzu terleme yardımıyla vücuttan atar.
Karaciğer
Ana madde: Karaciğer
Çok zehirli olan amonyağı daha az zehirli olan üre ve ürik aside dönüştürür. Karaciğerlerde safra kesesi de bulunur.