1.Mustafa padişah olmadan önce kardeşi 1. Ahmet, Osmanlı Devletinde önemli bir değişikliğe imza attı. Taht savaşlarını ve iç karışıklıkları önlemek amacıyla Ekber ve Erşed sistemini getirdi. Bu sistemle birlikte Osmanlı yönetimine, padişah öldükten sonra yerine en büyük ve olgun oğlunun tahta geçme şartı getirildi. Osmanlı Devleti bu dönemde Duraklama Dönemine girmiş ve düşman ülkelere karşı güç kaybetmişti. Ekber ve Erşed sisteminin en büyük getirisi I. Mustafa'ya oldu. Bu tarihten önce boğdurulan veliahtların aksine O, sarayın bir odasında tutuldu.
1.Mustafa, adına hutbe okutulduğunda ve kendisine biat edildiğinde, öncelikli olarak hapisteki herkesin salınmasını emretti. Yaklaşık olarak 15 yıl süren hapis hayatı, bu kararı vermesinde etkili oldu. Psikolojik rahatsızlığında amcası II. Osman'ın katledilişinin de payı büyüktür. Halk, II. Osman'ın öldürülmesinden I. Mustafa'yı sorumlu tuttu. Çıkan ayaklanmanın sonucunda Davut Paşa suçlu bulundu ve asıldı.
