Karamanlı bir ailenin çocuğu olan Ahmet Muhiddin Piri'nin ailesi Fatih Sultan Mehmed devrinde padişahın emri ile Karaman ülkesindenİstanbul'a göç ettirilen ailelerdendir. Aile bir süre İstanbul'da yaşamış, sonra Gelibolu'ya göç etmiştir. Piri Reis'in babası Karamanlı Hacı Mehmet, amcası ise ünlü denizci Kemal Reis'tir.
Piri denizciliğe amcası Kemal Reis'in yanında başladı; 1487-1493 yılları arasında birlikte Akdeniz'de korsanlık yaptılar; Sicilya, Korsika,Sardunya ve Fransa kıyılarına yapılan akınlara katıldılar. 1486'da Endülüs'te Müslümanların hakimiyetindeki son şehir olan Gırnata'da katliama uğrayan Müslümanlar Osmanlı Devleti'nden yardım isteyince o yıllarda deniz aşırı sefere çıkacak donanması bulunmayan Osmanlı Devleti, Kemal Reis'i Osmanlı Bayrağı altında İspanya'ya gönderdi. Bu sefere katılan Piri Reis, amcası ile birlikte müslümanları İspanya'dan Kuzey Afrika'ya taşıdı.
