Çimlenme, tohumda bulunan embriyonun uygun şartlar bulunca gelişerek ana bitkiye benzer bitkiyi vermek üzere tohumdan çıkarak serbest hale geçmesine denir.
Çimlenme olayı, tohumda büyümenin başlaması ve yedek besin maddelerinin embriyo büyümesinde kullanılmak üzere hareketli hale geçmesi olaylarını içine alan birçok karışık biyokimyasal ve fizyolojik değişiklikler serisinden ibarettir.
Çimlenme sırasında meydana gelen bu olaylar serisinin başında, suyun tohum tarafından emilmesi gelir. Tohum kabuğu yumuşadıkça ve protoplazma sulandıkça, çoklukla tohum şişer ve bazen kabuğu çatlatır. Suyun alınmasını, enzim faaliyetinin ve oksijen alımıyla ölçülen solunumun artışı izler. Bu faaliyetlerden sonra hücreler büyür ve kökçük tohum kabuğundan çıkar. Bu olaylar çimlenmenin başlaması ile birlikte giden olaylardır.
Çimlenmenin devamı için, suda erimez haldeki kompleks maddelerin enzim faaliyetiyle basit, eriyebilir maddeler haline geçmesi ve büyüme noktalarına taşınması gerekir; buralarda bu maddeler büyümede gerekli olan enerjiyi sağlamak için kullanılırlar veya yeni hücre yapı maddesi haline dönüştürülürler. Çöğür (tohumdan çıkan fidan), büyüme konilerinde hücrelerin bilinen bölünme, genişleyip büyüme ve farklılaşma olaylarıyla büyümeğe başlar. Çöğür, yapraktan yeterli olarak fotosentez yapıncaya kadar, gelişmesi için tohumdaki yedek maddelere muhtaçtır.
Özet olarak, çimlenme, aşağıdaki sıraya göre meydana gelir:
Suyun emilmesi,
Enzim ve solunum faaliyeti,
Yedek besin maddelerinin basit ve eriyebilir hale geçmesi,
Bunların nakli,
Özümlenmesi,
Büyüme.
